GEP核算的理论基础来自可持续发展理论。国际可持续发展理论包括强可持续发展理论与弱可持续发展理论两个流派。GEP是基于强可持续发展理论提出的，通过量化生态系统产品与服务价值，更好地将自然资本保护纳入经济社会发展决策之中。目前，GEP核算已在我国多个省份有序推进，其中生态环境部、浙江省、江苏省南京市、深圳市盐田区分别制定了国家级、省级、市级、区级GEP核算技术规范。
　　任何一种生态产品价值核算方法都有其适用范围和局限性，在实际推进过程中仍发现存在一些问题，需要去面对、研究和解决。一是部分地区将GEP与生态产品价值等同视之，事实上生态产品只是GEP中可以市场化的生态系统产品和服务；二是山水林田湖草沙是一个生命共同体，将作为整体功能单元存在的生态系统分割成若干个核算科目，既存在重复计算或者漏算的情况，也面临各个价值分量简单叠加之和低于整体价值的问题；三是不同地区在核算科目、核算指标、核算方法、关键参数、生态系统时空尺度等关键要素的选取上存在主观偏好，使得GEP核算结果缺乏可比性、可复制性及其可推广性；四是GEP核算体系对基础数据和技术支撑能力有着严格的要求，自然资源富集的镇（乡）、村、林场等小尺度区域囿于相应的生态系统监测数据尚未得到有效积累而很难开展GEP核算工作；五是GEP核算的实质是对生态系统产品和服务的使用价值而非交换价值的评估，生态产品只有通过市场交换满足他人的需要，才能真正实现其价值。一些地区试图将GEP全部转化为市场价值，不仅存在理论认知上的偏误，也不符合客观经济规律。因此，现阶段务须正确认识GEP在生态产品价值实现中的作用，有针对性地推进GEP核算结果“进决策、进规划、进监测、进考核”。
　　GEP增量可作为区域生态补偿标准的上限。生态补偿是生态产品特别是公益性生态产品价值实现的主要手段。理论上，补偿标准应介于生态保护地区保护的机会成本与其所提供的生态系统产品和服务的价值之间。然而，现实中重点生态功能区转移支付、生态保护红线生态补偿、流域上下游横向生态补偿等区域生态补偿确定的补偿标准并未考虑生态保护地区提供的生态系统产品和服务的价值，导致生态保护地区显现出生态治理绩效和生态创新效率边际递减等问题。以生态保护地区的GEP增量作为补偿标准的上限，并由补偿双方通过磋商谈判确定最终的补偿数额，符合可持续发展中的持续性原则、公平性原则和共同性原则。值得注意的是，由于我国自然资源领域的生态产品所有权主要归属于国家或集体，农牧户等微观主体只能获得制度所赋予的生态产品产权的收益，因而GEP增量并不适宜作为森林、草原、湿地等重点领域的补偿标准估算依据。
　　GEP核算结果可为生态产品经营开发提供基础支撑。生态产品特别是调节服务类生态产品的价值往往很难直接通过市场交易显性化，而是有赖于一定的机制设计。实践中，未经开发经营的生态产品，其对消费者福利的改善十分有限。通过引入人造资本和人力资本并与之相融合，可以协同实现消费者福利改善和生态产品保值增值。虽然GEP核算结果不能直接作为生态产品定价的依据，但却可以为生态产品经营开发提供基础支撑。在推进供需精准对接方面，通过新闻媒体和互联网等渠道对GEP核算结果的大力宣传和报道，提升生态产品的社会关注度，扩大经营开发收益和市场份额。在经营开发融资方面，借助GEP核算结果摸清自然资源资产底数，科学认识生态产品的潜在价值，为创新“GEP贷”等绿色金融产品和服务提供数据支撑。在市场交易方面，GEP核算结果可以作为政府和企业向生态产品产权所有者购买调节服务类生态产品的重要依据。
　　GEP核算结果可作为绿色考核评价体系的重要参考指标。政府是生态产品供给的责任主体，同时也存在上下级政府间的委托代理问题，考核评价体系具有重要的激励相容约束作用。当前，无论是生态文明建设目标评价考核体系，还是高质量发展综合绩效评价体系，都没有涵盖生态系统为人类福祉和经济社会可持续发展提供的各种最终产品和服务，难以真实反映行政区域单元生态产品供给能力、环境质量提升和生态保护成效的实际情况。因此，要因地制宜将GEP年均增速、单位面积GEP等指标纳入行政区域单元生态文明建设目标评价考核体系和高质量发展综合绩效评价体系。取消重点生态功能区的经济发展类指标考核，重点考核其GEP指标，对城市化地区和农产品主产区则实行GDP和GEP“双核算、双运行、双提升”的考评机制。推动将GEP核算结果作为领导干部自然资源资产离任审计的重要参考，不断调动各级领导干部建立和完善生态产品价值实现机制的积极性。