鸦片战争是中国有史以来第一次遭到从海上来的大规模的外敌入侵，给闭关自守的中国带来了强烈的震动。在外患频仍、创巨痛深的情况下，一些有识之士深感海防危机的严重，他们大声疾呼加强海防，研究退敌御侮的办法。著名将领林福祥在《平海心筹》中认为，海防应“以战为守”，主张利用清军现有装备，恢复和发展中国的传统火器，在海上以火攻制敌。林则徐则先是主张对入侵者“以守为战，以逸待劳”，诱敌登岸，聚而歼之。其后又提出，“船炮水军断非可已之事”，萌发了建立外海水军的思想。他的挚友魏源更提出了著名的“师夷长技以制夷”的海防理论，冲破了士大夫“夷夏之防”的传统观念，这是自施琅提出“盖天下东南之形势，在海而不在陆”这一海防思想之后，中国海权意识发展的又一次飞跃，成为其后清朝军事近代化运动的指导思想。

可惜魏源在《海国图志》中提出的这一理论，并没有得到清统治者的重视。之后同治六年（1867），藩司丁日昌鉴于东南海防空虚的现状，提出建立中国新式海军之建议，将东南沿海分为北洋、中洋、南洋三大军区。第二年，他在《海洋水师章程别议》中，又倡议改江南水师提督为海洋提督，并把提督驻所由厦门改为台湾，这种将台湾置于东南海防突出地位的战略眼光，尚难以被时人理解，故上述建议均未被清廷及时采纳。直到同治十三年（1874）三月，后起的日本侵略者借口牡丹社事件，大举进攻台湾的时候，清朝统治者才如梦方醒，中国的海权意识和海防措施才又有了进一步的发展。

日本侵台的直接结果，就是引发清廷内部的海塞防大讨论。李鸿章在这场国防战略的大讨论中，提出了著名的《筹议海防折》，他尖锐地指出：形势巨变，古今不同，“今则东南海疆万余里，各国通商传教，来往自如，麋集京师及各省腹地。阳托和好之名，阴怀吞噬之计。一国生事，诸国构衅，实为数千年未有之变局。”故他同意加强海防，设立北、东、南三洋海军。这种把边防的重点从西北内陆边疆转移到东南海疆的举措，是封建国防观念向近代国防观念的一个重大转变，而海防与塞防之争从某种意义上来讲，正是这种转变的开端。

光绪元年（1875）四月，清廷采纳左宗棠“东则海防，西则塞防，二者并重”的原则，一面命左宗棠督办新疆军务，收复失地；一面派李鸿章督办北洋、沈葆桢督办南洋海防事宜。在创建中国近代海防的同时，清廷的治台政策亦发生了根本性的转变，即从防台以靖海疆变为保台以御外侮；从抑制台地的发展到全面开发和经营台湾。当时，办理台湾事务的钦差大臣沈葆桢首先提出：筹划台湾“非为台湾一战计，实为海疆全局计”。福建巡抚丁日昌认为：“台湾有备，沿海可以无忧；台湾不安，则全局殆为震动”。“台湾为东南七省尾闾，上达津沽，下连闽浙；台事果能整顿，则外人视之有若猛虎在山，不敢肆其恫吓”。总理衙门大臣奕讠斤等人亦意识到，“经营台湾，实关系海防大局”。从此，朝廷上下对台湾在中国海权战略地位上的重要性有了更为明确的认识。

光绪九年（1883）十一月，法国为鲸吞全越，将战火烧向中国的西南边陲。第二年七月，法国侵略者悍然进攻福建水师，炮轰马尾造船厂。接着，法军进犯台湾，陷基隆，攻淡水，然后封锁台湾海面，台湾受困，牵动全局。光绪十一年（1885）二月，清廷借冯子材等人率军取得镇南关、谅山大捷的形势，乘胜即收，与法国签订了《停战条件》。

中法战后，中国十几年的海防建设遭到沉重打击，人们痛定思痛，于是再次掀起了海疆防御的大讨论，各地督抚纷纷陈奏。

李鸿章认为，中国海疆辽阔，局势太涣，主张设立海部或海防衙门，综理其事，以筹全局而专责成，下辖水师四镇，“平时分防汛地，建威销萌；有事合力通筹，声势联络”。左宗棠则主张设立海防全政大臣，建立十支海军，以夺取制海权，并在病逝前一月上言：“台湾孤注大洋，为七省门户，关系全局，请移福建巡抚驻台湾，以资震慑”。

同年九月，清廷先是批准成立总理海军事务衙门，派醇亲王奕譞总理海军事务，接着又明谕：“台湾为南洋门户，关系紧要，自应因时变通，以资控制，将福建巡抚为台湾巡抚，常川驻扎。”并从财政和人事上积极支持首任巡抚刘铭传筹建台湾省。这两大举措，一方面说明清廷对台湾在整个东南海防的战略地位有了更深一层的体认，即欲守中土，必固海防，欲固海防，必保台湾；另一方面也将中国的海防建设推向了一个新的历史时期。

台湾首抚刘铭传在保卫和开发台湾的过程中，一方面注重海防和海洋军事建设，先后兴办台湾军器局、军械所、火药局、水雷局等，以解决台地兵器修理和制造的难题，并于台、澎海口要隘之处修筑近代化炮台，配备新式的阿马士敦后膛炮及各种水雷；另一方面则“与敌争利”，从海洋经济的角度进一步认识和开发台湾岛。光绪十二年（1886），刘铭传在新加坡设立招商局的同时，先后定购和集资购买了8艘轮船，开办轮船公司，航行于台湾、澎湖、上海、香港之间，有时亦航往吕宋、西贡、新加坡等地。为与列强争夺海洋利权，刘铭传不仅苦心经营台湾航运，而且积极建造台湾铁路，创设台湾邮政局，架设台湾南北陆路电线，敷设从台湾至大陆的海底电缆。从开辟海上运输、海上邮政，到建设台湾铁路、铺设海底电缆，说明近代中国人的海权意识已从加强海洋国防，捍卫海洋国土的基础上，更进一步升华到重视和发展海洋经济的历史阶段。

中日甲午战后，虽然中国北洋水师覆灭，台湾被日本割占，但中华民族的海权观念和海洋意识的觉醒，却比以往任何时期都更加深刻和迅猛。