如何以习近平生态文明思想为指导，处理好发展生态旅游和保护生态环境的关系，不仅是三江源保护要破解的难题，也是目前全国各地方兴未艾的生态旅游必须正确认识与解决的问题。对此，要树立与发展生态旅游相适应的新思维。
　　在确保生态环境保护放在首位的前提下，开展生态旅游。对于生态保护与生态旅游的关系，容易陷入两种认识的误区：一是单纯的就保护谈保护的认识。这种认识未能把生态环境保护与生态价值利用相结合，因而把生态环境保护看成是一种负担，容易陷入消极保护、被动保护之中。另一种认识，是在单纯经济思维的作用下，把生态旅游看成是环境保护的唯一目标，忘记生态环境保护的首要目标是生态安全，其次才是旅游价值的利用，这个关系不能颠倒。党的十八大以来，中央提出生态环境保护，主要目的并不是为了发展旅游经济，而是为了解决环境安全问题。在确保生态环境安全的大前提下，良好生态环境具有很大经济价值，通过发展生态旅游来实现经济价值与生态保护不仅不矛盾，而且会形成良性循环。
　　因此，正确认识生态环境保护的价值和使命，是正确处理发展生态旅游和保护生态环境关系的大前提。在确保生态安全的大前提下，有序、有限、有规划地发展生态旅游，不仅不会影响生态环境保护使命的实现，还会为生态环境保护提供资金保证、为生态环境保护带来新的动力。如果不能以这样的思路来处理发展生态旅游和保护生态环境的关系，就容易陷入凡是对生态旅游有利的才进行投资保护、与生态旅游没有关系就不搞保护的片面思维和行动中。党的十八届三中全会提出建立国家公园体制，正是为了系统解决发展生态旅游和保护生态环境关系的重大制度创新。国家公园是我国自然生态系统中最重要、自然景观最独特、自然遗产最精华、生物多样性最富集的部分，将这种独特、稀缺的生态资源，以国家公园体制进行保护与有效利用，正是国家公园体制的功能所在。国家公园作为一种公共产品，所承担的第一个功能、实现的第一价值就是要保障国家生态安全。但国家公园也为生态环境的旅游价值、经济价值的实现提供了条件。
　　以长周期、算总账、算综合账的思维处理发展生态旅游和保护生态环境的关系。良好的生态环境确实是造福一方的重要旅游资源，但对生态旅游资源的开发和利用，不能以搞工业产业的思维来进行，否则将对生态资源造成严重干扰和破坏。对生态旅游价值的开发，需要一种系统整体的生态保护观，也就是要算大账、算长远账、算整体账、算综合账，让生态保护与生态旅游形成良性循环的生态保护观。生态旅游是一种长周期业态，是与多样化自然环境相匹配的综合发展的业态，是遵循生态自然规律、可持续发展的业态。只有遵从这一规律，才能同步推进生态旅游发展和生态环境保护。
　　从自然教育、生命教育、生活教育的高度，探索生态保护与生态旅游的有机结合。在生态文明建设的大背景下，生态旅游越来越受到各方的重视和青睐。如果仍以传统的旅游思路来做规划和运营，把生态环境看成是一种娱乐消费品，秉持的仍然是迎合消费者的纯商业思维，这样一种低水平、追求客流数量的旅游，将会形成对生态环境资源的负面影响、形成对生态环境的新干扰。生态旅游本质上是一种生态教育的旅游。大自然不仅是满足人类物质需求的提供者，更是滋养人类精神、启迪人类智慧的老师。“天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物”，这是中国古人对待自然的观念。把自然作为滋养我们的父母、作为我们修德开慧的老师、作为我们的精神家园来对待，是生态旅游应遵循的理念和思维。按照这种思维规划与推动的生态旅游，恰恰是符合生态保护要义的生态文化教育旅游。特别是目前正在建设的国家公园，应成为服务于生态文明建设的自然教育、科学教育、生命教育、生活教育的国家公园。