“十二五”时期是全球产业分工格局、贸易格局、经济力量对比和全球治理结构的重大调整期，也是积极推进技术创新、实现重大关键和共性技术突破，实现产业结构升级的重要转型期，更是我国建设创新型国家的关键时期。创新驱动战略已经成为我国在“十二五”时期内能否完成产业结构调整和教育体制改革的关键因素。
　　从“十二五”中期我国各省、区市创新驱动战略实施情况来看，目前大部分地区仍然处于以要素驱动和投资驱动的经济增长模式，过度依赖于劳动力比较优势和物质资本的投入。而东部地区的部分省份已经开始意识到创新驱动战略的重要性，开始从要素驱动和投资驱动转向创新驱动模式，在发展过程中，目前仍然存在如下突出问题。
　　科技资源分散现象严重，区域之间的协调平衡发展仍需进一步加强
　　与发达国家相比，我国部分地区在产业层次、资源配置效率和发展质量效益上仍然有显著的差距，科技资源分散现象严重，科技创新对经济社会发展的支撑引领作用尚未得到充分体现。制造业大多数处于国际分工和产业链的中低端环节，工业增加值率和大中型工业企业产值利润率偏低，出口产品中拥有自主知识产权和自主品牌的仅占出口总额很小的一部分。从31个省区市的发展中可以看出，当前经济发展存在的最大问题是不平衡、不协调、不可持续问题依然突出，资源环境约束强化，产业结构不尽合理，创新能力还不够强。东部地区在创新驱动战略支撑能力、创新驱动战略投入体系以及创新驱动战略产出体系中的基数都远远地高于其他三大经济板块，沿海的一些发达地区，如北京、上海、广东、江苏、浙江等地的发展水平均远远地高于其他内陆地区，省份与省份之间的发展存在巨大的差距。因此，促进区域的协调发展仍然是当今发展的首要任务。
　　科技投入有待于进一步增强，研发结构仍需大力改善
　　从世界上已有的创新型国家发展历程可以看出，他们的R&D占GDP的比重一般维持在2%以上，而科技创新企业这一比例则维持在6%以上，在美国、欧盟和日本等发达国家占据了全球R&D投入的86%，目前，我国在这方面的差距仍然很大。2011年，我国共投入R&D经费1344.5亿美元，比上年增加了301.3亿美元，增长了28.88%；R&D经费投入强度（占GDP比重）为1.84%，比起2010年提高了0.08个百分点。同一时期内，丹麦R&D经费投入强度为3.09%，以色列为4.38%，瑞典为3.37%，芬兰为3.78%，美国为3.07%，远远地高于我国。另外从研发经费具体的承担机构来看，发达国家大部分的研发经费是通过民间融资的方式来展开，如日本研发经费占GDP比重的3%几乎由民间承担，形成了以民为主的格局，而我国还是处于政府导向型的结构。据统计，2011年我国本土企业中，国有企业的R&D内部经费支出和当年价总产值的比重高达4.63%，而非国有企业的R&D内部经费支出和当年价总产值的比重只有1.51%，国有企业仍然是创新的主体。
　　此外，科技人力资源也是衡量一个国家、一个企业的技术创新能力强弱重要标准。尽管我国科技人力资源总量保持持续增长态势，但R&D人力资源规模和投入强度仍然不足。如表所示，2011年我国每万名劳动力中研究人员数量为16，仅相当于美国2007年的17.58%，芬兰2011年的10.81%，丹麦2011年的12.21%，远远低于其他国家的科技人力资源投入强度。另外，在中国科技人才队伍中，高层次的创新人才和科技领军人才严重匮乏，企业和基层人才短缺，技术工人缺乏的现象严重。
　　科学研究过于急功近利，科技成果转化率偏低
　　尽管我国科技产出总量位居世界前列，但论文的影响力还不够，论文的总体质量还不高。由于在科学研究过程中长期受到科研行政化思潮的影响，大中小型院校、科研机构在职称评聘，考核过程中非常强调的是论文的发表数量以及发表的期刊档次。一些机构为了晋升、考核不得不花费大量的时间来炮制论文，为了提高论文引用率，出现了鼓励同事间互引或者自引的现象，科学研究过于急功近利。另外从科技产出的质量来看，与发达国家还存在一定差距，虽然每年政府投入到转化工作的资金很多，但是转化的效果不明显，转化的比例很低，科技研发和生产需求相脱节，产学研之间的合作不通畅，据不完全统计，我国科技转化率为15%左右，技术进步对经济增长的贡献率只有29%，远远低于发达国家60%—80%的水平。
　　关键技术设备依赖进口，自主创新能力仍然处于较低水平
　　当前绝大多数领域的核心技术和关键技术仍然被发达国家所掌控。据统计，高收入国家获得了全球技术转让和许可收入的98%，美国、欧盟和日本拥有了生物工程、药物领域的95%专利。有数据显示，目前我国关键技术的对外依存度高达50%，而美国、日本仅为2%—5%，我国高科技含量的关键部件主要依靠进口，如高端医疗设备95%以上依赖进口，光纤设备和电视机、手机、DVD的“心脏”几乎全部是进口。尽管我国高技术产业规模快速增长，在全球高技术产业中的地位不断提升，如2011年我国的高技术产业总产值为13686.1亿美元，位居世界第一，但我国的高技术产业的劳动生产率和自主创新能力仍然处于较低水平，我国2010年制造业的劳动生产率仅为美国、日本、德国和法国的1/3还不到，高技术的R&D投入强度也远远低于其他国家，仅为美国和日本的1/3还不到。2011年，美国专利数为15923件，排在第一位，日本14605件，排在第二位，德国、法国和英国的数量都在千位数量以上，而中国只有891件，仅占世界总量的1.36%。这进一步说明了我国的自主研发数量很少，企业创新能力不足。同样的，从专利结构来看，2011年我国的发明专利占专利申请授权总数的比重为4.7%，远低于美国的19%，日本的12.5%，法国的26%以及英国的8.8%，也低于韩国的18.2%和俄罗斯的19.8%。
　　体制机制改革相对滞后，相关法规和政策体系尚待完善
　　科技投入只是科技创新的保障，增加投入固然可以体现国家重视科学研究，但如何实现从科技投入大国变为科技创新大国，科技体制改革起了重要的作用。目前，我国所面临的科技创新环境的制约因素，在很大程度上是由于体制所造成的。我国在创新人才的量和质、创新资源的分布以及管理体制上存在诸多不同，首先，我国尚未形成完整的知识产权保护体系，例如：2012年我国企业中拥有自主知识产权的仅有2000多家，仅占企业总数的万分之三，99%的企业没有申请专利。其次，目前还没有一部有关国家创新体系和企业自主创新的基本法，已有的《科技进步法》已经不能适应国家快速发展的现状和自主创新对法律的需求。再次，现阶段的金融体系与企业创新相互脱节，金融业的发展滞后于企业创新活动的实际需求。这些政策体制都在一定程度上制约了科技创新的步伐。部分重要资源价格不能反映资源的稀缺性和外部性，导致低水平重复建设和片面追求速度，导致企业创新动力不足。企业自身的现代企业制度尚未真正建立起来，使得企业难以成为研究开发的主体，这就导致了产权不清、政企不分，从而进一步制约了企业的创新动力，导致企业自主开发的产品少，缺乏竞争力。