20世纪五六十年代，日本经济进入战后的全面复苏和高速发展时期。蓬勃发展的工业在带来经济繁荣的同时，也带来了生态环境的严重恶化。这一时期，日本人的生活水平大幅提高，但由环境污染引发的公害事件频繁出现，民众健康受到巨大威胁。在影响较大的日本“四大公害病”中，“水俣病”被公认为日本战后之最大公害。
　　“水俣病”实际为有机水银中毒，是患者长期食用被有机汞化合物污染的鱼类等食物造成的，因1956年首先发现于日本熊本县水俣市而得名。1966年新潟又爆发“水俣病”，被称为“第二水俣病”。这两个地方“水俣病”的罪魁祸首是直接排放有毒废水的当地工厂。“新日本窒素肥料株式会社”设立在水俣市的工厂将生产氮肥过程中产生的含汞废水直接排放入渔民常年捕鱼的海域，人们捕食受污染的海产品造成有机汞在体内聚集，引起中毒性神经系统疾病。患者手足麻痹，步行困难，甚至出现失智，听力、言语及运动障碍。
　　相关工厂最初隐藏真相，推卸责任，千方百计阻碍研究人员入厂取样，以安装完全无效的所谓废水净化装置欺骗民众，照旧排放污水。直到发现首例“水俣病”患者12年后的1968年，日本政府才承认并公布“水俣病的起因是氮公司工厂废水中所含的甲基汞”。在这漫长的12年间，由于没有及时应对，工厂排放的包括甲基汞化合物在内的汞量大约又增加了80~150吨，新的受害者不断出现，酿成了更大的灾难。
　　日本在当时片面注重经济发展，忽视环境保护和食品安全，这是“水俣病”之灾爆发的根本原因。日本为治疗和赔偿患者以及修复环境付出了巨大代价，但“水俣病”没有根治的方法，“水俣病”幸存者至今仍生活在痛苦中。熊本和新潟的两场“水俣病”，以及富士县“痛痛病”、四日市哮喘病等成为日本民众挥之不去的噩梦。惨痛的代价使日本认识到了环境污染的严重性，日本政府于20世纪60年代末开始从各方面着手治理和保护环境。
　　加强环保立法。1967年，日本政府制定了《公害基本法》，并于次年获得通过，把大气、水源、噪音、震动、地震、恶臭等污染确立为公害。1970年召开“公害国会”，又将土壤污染增补为公害，并制定和修改了14个防治公害的法律，明确规定了中央政府、地方政府、企业及公民各自的责任和义务。1993年和1994年日本还先后颁布《环境基本法》和《环境行动计划》，确定了“减少对环境的负担，实现循环社会系统”“确保自然与人类的共同生存”“在公平的职责下实现所有主体的参与”“推进国际性协作”的四项基本原则，以此达到人与自然和谐相处的可持续发展目标。完善的法律体系为治理污染和保护环境奠定了坚实的制度基础。
　　完善公害诉讼制度和受害者救济体制。1970年日本颁布了世界第一部环境刑法《关于危害人体健康的公害犯罪制裁法》，确立了以特别刑法为核心的环境刑罚体系，开创运用刑法保护环境之先河。1973年颁布的《公害健康被害补偿法》，确立了“公害健康被害补偿制度”。该制度的主要作用是追究环境肇事者的民事责任，对其污染环境的行为处以巨额罚款。罚款所得收入用于赔偿受害者，并开展福利事业。这些法律极大地提高了企业污染环境的成本，永久性地改变了日本企业的经营理念，促使他们在生产经营中重视环境保护。同时，将环境污染内化为企业生产成本后，也促进了企业不断研发节能减排新技术，以降低生产成本、提高盈利水平。时至今日，日本企业的环保理念和技术都处在世界先进水平。
　　完善环境保护的管理体制。日本逐步建立了严密的环境保护管理体制，从中央一直深入到企业。在中央层面，日本于1971年成立环境厅，集中处理与环保相关的事务，改变了之前分散式管理造成的政出多门、管理混乱的局面。日本还成立了环境审议会和公害对策会议，其中环境审议会是相对独立的环保咨询机构。进入21世纪之际，环境厅升格为环境省。在地方层面，各地也都成立了专门负责环保的政府机构。特别值得一提的是，日本在企业设置环境管理员，负责对企业的具体生产经营活动进行监督，确保其符合环保标准。环境管理员需通过严格专门的考试和资格认证，上任后的要求也很严格，若其严重失职，可能面临刑法处置。
　　调整产业结构，发展先进的环保技术。1974年日本出台《产业结构长远规划》，“节约资源、环境保护”成为日本产业结构调整的重要目标。规划提出，建设“福利型、生活保障型产业结构；资源、能源高效利用型产业结构”，发展技术密集型产业，促进产业结构高级化和国际协调。从此，日本的产业结构开始通过科技引进和自主研发逐步升级，从战后的资源密集型产业升级到知识和技术密集型产业。在能源方面，注重“低污染、无公害”能源的开发和利用，重点加强节能技术和能源加工技术的研发和推广，能源结构从高硫燃料向低硫和脱硫化升级。
　　日本还十分重视环保技术的研发，培养自主创新能力。具有自主知识产权的环保技术带动了一系列高新产业的发展，成为日本的一大经济增长点。通过宣传教育提高全社会环保意识。水俣市和新潟县都建立了有关“水俣病”的资料馆，让人们了解和铭记“水俣病”的惨痛教训，避免悲剧再次发生。目前，优美的生态环境使日本成为全球游客向往的旅游胜地。回顾当年的“水俣病”之灾，日本变化之巨令人感慨。2013年，联合国通过了旨在全球范围内控制和减少汞排放的国际公约《水俣公约》，日本“水俣病”的教训和治理环境的经验已成为人类社会共同的宝贵遗产。